Ivan Runje dołączył do Jagiellonii Białystok przed startem sezonu 2016/17. Z miejsca stał się liderem bloku defensywnego podopiecznych Michała Probierza. Znakomicie dowodził linią defensywną Żółto-Czerwonych, którzy do ostatniej ligowej kolejki bili się z rywalami o tytuł mistrza Polski. Choć ten był o włos, ostatecznie Jagiellończycy uplasowali się na drugim miejscu i otrzymali srebrne medale.
Białostoczanie powtórzyli ten sukces sezon później, oczywiście ponownie z Ivanem Runje w roli dowodzącego blokiem defensywnym Dumy Podlasia. Ponownie losy tytułu mistrza Polski ważyły się do finałowej serii gier. Żółto-Czerwoni pokonali Wisłę Płock 2:1, a jedną z bramek zdobył chorwacki stoper.
Ivan Runje reprezentował Jagiellonię nie tylko w polskiej ekstraklasie, ale też był ostoją zespołu w europejskich pucharach, jak również podczas zmagań w krajowym pucharze. W sezonie 2018/19 dotarł z Jagą do finału tych ostatnich rozgrywek. Chorwat podczas blisko sześcio i pół rocznej przygody w białostockim klubie strzelił siedem goli w 155 oficjalnych występach.
Plany regularnych występów na boisku zaczęły krzyżować kontuzje. Od 2021 roku Runje nieprzerwanie zmagał się z różnymi urazami. Mimo nieprzychylnych diagnoz i przeciwności losu był zdeterminowany, by wrócić na boisko i pomóc drużynie w walce o ligowe punkty. Niestety, mimo szczerych chęci i ambitnej postawy, Chorwat nie był już w stanie wrócić do regularnej gry.