Janusz Wójcik na Podlasie przybył jako młody, rządny sukcesów trener. Działacze Jagiellonii wiązali z jego przyjściem spore nadzieje, a trener za obdarzenie go sporym zaufaniem odpłacił się wywalczeniem z Żółto-Czerwonymi pierwszego w historii awansu do ekstraklasy. Prowadzona przez niego Jaga była w sezonie 1986/1987 poza zasięgiem swoich drugoligowych rywali. Awans został wywalczony w cuglach. Białostoczanie finiszowali z 15 punktami przewagi nad drugą Stalą Stalowa Wola!
"Wujo" poprowadził Jagę także w pierwszych 10 spotkaniach sezonu 1987/1988. Białostocki beniaminek nie miał jednak lekko w ekstraklasie. Po remisie z Widzewem Łódź, przyszły porażki z GKS-em Katowice, Lechią Gdańsk, a także Lechem Poznań. Następnie przed własną publicznością białostoczanie ograli Szombierki Bytom oraz Olimpię Poznań. Po porażce ze Śląskiem Wrocław, a także remisami ze Stalą i ŁKS-em, Żółto-Czerwoni przegrali w Białymstoku 1:3 z Górnikiem Zabrze. Po tym meczu Wójcik zdecydował się podać do dymisji, a stanowisko pierwszego szkoleniowca Jagi objął Mirosław Mojsiuszko.
Po odejściu z Jagi Janusz Wójcik wrócił do pracy z juniorskimi zespołami reprezentacji Polski, ukoronowaniem tego etapu trenerskiej kariery było wywalczenie srebrnego medalu igrzysk olimpijskich w Barcelonie. Później "Wujo" pracował jeszcze z warszawską Legią, a także z olimpijską reprezentacją Zjednoczonych Emiratów Arabskich, czy reprezentacją Syrii. W latach 1997-1999 sprawował funkcję selekcjonera reprezentacji Polski.
Był także trenerem cypryjskiego Anorthosisu Famagusta, w Polsce podjął się jeszcze pracy szkoleniowej w Pogoni Szczecin, Śląsku Wrocław, Świcie Nowy Dwór Mazowiecki, czy Zniczku Pruszków. Ostatnim polskim klubem prowadzonym przez Janusza Wójcika był łódzki Widzew.
