Mateusz Kowalski piłkarskie szlify zbierał w Akademii Piłkarskiej Jagiellonii, w drużynie z rocznika 2005. W tym sezonie zadebiutował w pierwszym zespole Żółto-Czerwonych. W pierwszym meczu na poziomie PKO BP Ekstraklasy strzelił gola w starciu z Piastem Gliwice. Jesienią dołożył jeszcze jedno trafienie w starciu z Legią Warszawa.
Nowy klub Mateusza Kowalskiego, Parma, występuje na poziomie Serie B i po 22 kolejkach zajmuje 10. miejsce z dorobkiem 30 punktów. Do niedawna barw Parmy bronił inny były zawodnik Jagiellonii, Bartłomiej Maliszewski.
Oprócz Kowalskiego, szeregi Jagiellonii Białystok opuścili w tym sezonie także m.in. Fedor Černych i Bogdan Țîru.