Celem powołania Muzeum jest przedstawienie szeroko pojętego dziedzictwa osoby bł. ks. Jerzego Popiełuszki, zamordowanego jesienią 1984 roku przez funkcjonariuszy komunistycznego aparatu represji PRL. Będzie to nowoczesna placówka edukacyjna, która dzięki najnowszym środkom audiowizualnym, wraz ze zgromadzonym materiałem wystawienniczym, przedstawi widzom jednego z najwybitniejszych obywateli powojennej Polski, będącego pozytywnym wzorcem do naśladowania i czerpania z polskiej tradycji.
Statutowym celem instytucji muzealnej jest stworzenie kolekcji i ekspozycji wystawienniczej, a zarazem jej opracowanie, udostępnienie i konserwacja obiektów oraz przedstawienie dziejów życia i męczeńskiej śmierci kapłana. Członkowie rodziny ks. Popiełuszki, skupieni w fundacji „Dobro”, stworzyli zalążek kolekcji. Muzeum Podlaskie w Białymstoku, realizując dzięki dotacji Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego projekt „Gromadzenie i badania materiałów do wystawy stałej Muzeum Błogosławionego Księdza Jerzego Popiełuszki w Okopach” rozpoczęło działalność terenową i poszukiwanie pamiątek osobistych, które znajdą się na wystawie stałej.
W czerwcu 2020 roku w Ministerstwie Kultury i Dziedzictwa Narodowego w Warszawie podpisano list intencyjny o idei utworzenia Muzeum Błogosławionego Księdza Jerzego Popiełuszki przez Fundację im. Ks. Jerzego Popiełuszko „Dobro” oraz Muzeum Podlaskie w Białymstoku. Wybudowana w przyszłości nowa siedziba, jako kolejny oddział Muzeum Podlaskiego, będzie usytuowana we wsi Okopy koło Suchowoli.
W lipcu 2022 roku w Muzeum Podlaskim w Białymstoku obie instytucje podpisały umowę o współpracy, a we wrześniu bieżącego roku Fundacja Dobro przekazała działkę pod budowę muzeum w Okopach Muzeum Podlaskiemu. Projekt Muzeum wraz z koncepcją wystawy powstaje w Pracowni Nizio Design International z Warszawy, finansowany przy wsparciu Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego.
Muzeum Podlaskie w Białymstoku apeluje o przekazywanie pamiątek związanych z bł. ks. Jerzym Popiełuszką oraz czasami mu współczesnymi. Zgłoszenia można przesyłać na adres e-mail: okopy@muzeum.bialystok.pl - kontakt telefoniczny: 85-740-77-31.